ماده ۱از تاریخ تصویب این قانون سازمان بنادر و کشتیرانی مشمول مقررات قانون محاسبات عمومی و قانون استخدام کشوری و آئین نامه معاملات دولتی نمی باشد.
ماده ۲امور مالی و استخدامی و معاملات و وظایف و اختیارات سازمان تابع آئین نامه ای خواهد بود که به تصویب کمیسیون های دارائی و استخدام مجلسین رسیده باشد و تا زمانیکه آئین نامه مزبور به تصویب نرسیده مقررات فعلی سازمان قابل اجرا است.
تبصره ۱ (اصلاحی ۱۴۰۳/۶/۲۷)- حقوق و عوارض بندری مندرج در تعرفه منضم به قانون تأسیس سازمان بنادر و کشتیرانی مصوب سال ۱۳۳۹ منحصر و محدود به موارد زیر خواهد بود:
۱ – حق ورود کشتی بدهانه بندر ( ردیف ۱ تعرفه).
۲ – حق ورود کشتی به بندر ( ردیف ۲ تعرفه).
۳ – حق بارگیری و تخلیه در آبهای بندر ( ردیف ۵ تعرفه).
۴ – عوارض فانوس های دریائی ( ردیف ۹ تعرفه).
۵ – عوارض بندری کالای وارده ( ردیف ۱۲ تعرفه).
۶ – [منسوخ گردیده است.]
۷ – عوارض بهداشت بندری ( ردیف ۱۴ تعرفه) .
افزایش نرخ حقوق و عوارض بندری تا سی درصد ارقام مذکور در تعرفه فوق الذکر و همچنین معافیت یا کاهش نرخها با تصویب شورای عالی سازمان بنادر و کشتیرانی خواهد بود افزایش بیش از سی درصد و همچنین حذف یا افزایش یا تغییر عناوین حقوق و عوارض بندری با پیشنهاد وزارت دارائی و تصویب کمیسیون دارائی مجلسین میباشد.
سایر موارد مندرج در تعرفه مذکور و همچنین هزینه های تخلیه و بارگیری و باربری و انبارداری و خدمات فوق العاده که سازمان بنادر و کشتیرانی در اثر اجرای ماده ۵۸ قانون امور گمرکی مصوب خردادماه ۱۳۵۰ یا به موجب قوانین و مقررات دیگر مسئولیت اجرای آن ها را به عهده می گیرد یا قبلا به عهده گرفته است هزینه های بندری تلقی می شود و تعیین میزان و شرایط دریافت و اعطای معافیت و تغییر عناوین آن ها با تصویب شورای عالی سازمان بنادر و کشتیرانی خواهد بود.
تبصره ۲ (منسوخ ۱۴۰۳/۶/۲۷)- سازمان بنادر و کشتیرانی برای اجرای وظائف خود میتواند با موافقت شورای عالی سازمان و با رعایت شرایطی که شورای عالی تعیین خواهد کرد شرکت تشکیل دهد یا با مؤسسات بخش خصوصی اعم از داخلی یا خارجی و همچنین وزارتخانه ها و مؤسسات دولتی ایرانی مشارکت نماید. اساسنامه شرکت هائی که به موجب این قانون تأسیس خواهد شد بتصویب شورای عالی سازمان بنادر و کشتیرانی خواهد رسید. ولی مشارکت با شرکت های خارجی در هر مورد منوط به پیشنهاد وزارت دارائی و تصویب کمیسیون های دارائی و استخدام مجلسین می باشد.
تبصره ۳ (منسوخ ۱۴۰۳/۶/۲۷)- سازمان بنادر و کشتیرانی میتواند ظرف مدت سه سال از تاریخ تصویب این قانون آن عده از مستخدمین رسمی مشمول قانون استخدام کشوری سازمان را که دارای حداقل بیست سال سابقه خدمت بوده و مورد نیاز سازمان نباشند پس از تعیین گروه قطعی آن ها که بر اساس ماده ۳۰ قانون استخدام کشوری و رعایت مقررات مربوط بوسیله هیئت سه نفری مرکب از یکی از معاونان سازمان بنادر و کشتیرانی و مسئول کارگزینی آن سازمان و نماینده سازمان امور اداری و استخدامی کشور انجام می شود با همان حقوق بازنشسته نماید.
ماده ۳(منسوخ ۱۳۹۲/۱۰/۳)- برای حفاظت انبارها، کالاها، ساختمان ها و همچنین انجام اجرائیات و امور انتظامی و حفاظتی در اسکله ها و باراندازها و تأسیسات مختلف سازمان بنادر و اداره کل گمرک سازمانی بنام گارد بنادر و گمرکات در وزارت دارائی تشکیل می شود.
ماده ۴(منسوخ ۱۳۹۲/۱۰/۳)- سازمان- وظایف- صلاحیت و اختیارات گارد بنادر و گمرکات و امور استخدامی مالی و انضباطی و چگونگی ساز و برگ و سلاح و آموزش مأمورین و روابط گارد مزبور با دستگاه های انتظامی کشور و همچنین تعیین و ترتیب انتقال وظایف سازمان فعلی پلیس گمرکات و بنادر بر اساس آئین نامه ای خواهد بود که به تصویب کمیسیون های دارائی و استخدام و جنگ مجلسین برسد.
ماده ۵(منسوخ ۱۳۹۲/۱۰/۳)- مأمورین گارد بنادر و گمرکات از لحاظ اجرائیات سازمان بنادر و اداره کل گمرک در حکم ضابطین دادگستری محسوب و دارای همان اختیارات و صلاحیتی خواهند بود که مأمورین شهربانی و ژاندارمری دارا میباشند.
ماده ۶(منسوخ ۱۳۹۲/۱۰/۳)- جرائم مأمورین گارد بنادر و گمرکات که بسبب خدمت یا در حین انجام خدمت مرتکب شوند تابع قانون دادرسی و کیفر ارتش بوده و رسیدگی به آن در صلاحیت دادگاه های نظامی خواهد بود.
ماده ۷(منسوخ ۱۳۹۲/۱۰/۳)- تغییر و یا اصلاح آئین نامه های مندرج در این قانون به پیشنهاد دولت و به وسیله کمیسیون های تصویب کننده مجلسین انجام خواهد گرفت.